Die Kirche Stallikon hat eine lange und bewegte Geschichte, die bis in die frühgotische Zeit zurückreicht. Sie wurde in den heutigen Dimensionen kurz vor der Reformation vollendet und ist seit Jahrhunderten ein bedeutendes kulturelles und spirituelles Zentrum der Region.
Bereits im 12. Jahrhundert besaß das Schwarzwaldkloster St. Blasien die Kollaturrechte der Kirche, was bedeutete, dass es Abgaben einziehen und den Pfarrer einsetzen durfte, aber auch für den Unterhalt von Kirche und Pfarramt verantwortlich war. Der erste Bau des Pfarrhauses erfolgte 1572 unter Abt Kaspar, und das heutige Pfarrhaus wurde 1722/23 vom regierenden Prälaten Blasius III. errichtet.
Die Kollaturrechte gingen 1812 an den Kanton Zürich über, der sie vom Großherzogtum Baden, dem Rechtsnachfolger des Klosters St. Blasien, erwarb. Eine Ehrentafel mit Porträtsiegel und Wappen am heutigen Pfarrhaus, die 1996 rekonstruiert wurde, erinnert noch heute an die Zeit des Klosters St. Blasien.
• 1439: Einweihung der Kirche St. Stephan durch Johannes, Bischof von Cäsarea.
• 1448: Wiederaufbau und Einweihung nach Zerstörung im Alten Zürichkrieg.
• 1482: Neue Einweihung mit Chor und Kirchhof; dieses Datum begründete das Stalliker Chilbidatum (Sonntag vor Martini).
• 1512: Fertigstellung der Kirche in den heutigen Dimensionen.
• 1515: Meister Hans Winkler gestaltet eine geschnitzte Holzdecke, ursprünglich blau mit Sonne, Mond, Sternen und allegorischen Darstellungen.
• 1846: Innenrenovation, Gipsdecke ersetzt die originale Holzdecke.
• 1946: Umfangreiche Renovation mit Wiedererrichtung des Chorbogens und neuer Holzdecke.
• 2001: Installation eines Außenliftes für barrierefreien Zugang.
• 2009: Außenrenovation und Erneuerung des Aufgangs.
Am 3. und 4. November 2012 feierte die Kirchgemeinde das 500-jährige Bestehen der Kirche mit einem großen Fest. Höhepunkte waren ein Gospelkonzert des eigens gegründeten Chors „Changing Times“, ein Orgelkonzert von Magdalena Oliferko und ein Jubiläums-Chilewy, der auch zum Verkauf angeboten wurde.
Im Jahr 2016 wurde die neue Orgel im Rahmen musikalischer Feierlichkeiten eingeweiht. Sie ergänzt den Kirchenraum mit klanglicher Vielfalt und wird regelmäßig bei Gottesdiensten und Konzerten genutzt.
